Pada tahun 1964 beberapa tokoh
masyarakat Kebumen pada waktu itu bersepakat untuk mendirikan sekolah lanjutan
tingkat pertama (SLTP) yang bercirikan khas Agama Islam, maka jadilah
musyawarah mufakat untuk mendirikan sekolah lanjutan tingkat pertama (SLTP)
yang diberi nama Pendidikan Guru Agama Pertama (PGAP) 4 tahun setingkat SLTP,
yang terletak di Jalan Pahlawan 21 Kebumen/sebelah selatan Alun-alun
Kebumen.Adapun tokoh pendiri pada waktu itu adalah sebagai berikut :
Kemudian kelima tokoh tersebut
bersepakat untuk memilih bapak H. Tholib, B.A. sebagai kepala PGAP 4 tahun.
Pada saat itu siswa yang pertama sejumlah 40 orang siswa, yakni 1 (satu) kelas.
Kemudian pada tahun 1969 PGAP 4 tahun berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama
Islam Negeri (MTsAIN) Kebumen, namun PGAP 4 tahun juga masih ada, jadi SLTP
berciri khas Islam ada 2 yakni PGAIP 4 tahun dan MTsAIN Kebumen. Adapun
sebagai Direktur MTsAIN adalah Bapak Mohammad Irfa’ie. Kedua-duanya
berjalan lancar walaupun satu berstatus negeri dan yang satunya swasta.
Kemudian pada tahun 1970 PGAIP 4
tahun berubah status menjadi PGAN 4 tahun. Jadi kedua-duanya berstatus negeri
dengan SK Menteri Agama Nomor: 148 tahun 1970 tanggal 22 Juli 1970. Kemudian
pada tahun 1978 MTsAIN menjadi MTsN Kebumen 1 dan PGAN 4 tahun berubah menjadi
MTsN Kebumen 2.
Sampai sekarang ini, MTsN 1 Kebumen telah mengalami sepuluh kali pergantian kepala
dengan urutan sebagai berikut :
Berdasarkan surat keputusan
Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor:
E/242.A/99 tertanggal 2 Agustus 1999 Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Kebumen
1 telah diputuskan sebagai Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Model Kebumen 1.Nomenklatur
MTsN Kebumen 1 kembali berubah sesuai Keputusan Menteri Agama no 810 tahun 2017
tertanggal 3 Oktober 2017 menjadi MTs Negeri 1 Kebumen.
Dalam perjalanannya, MTs Negeri1
Kebumen tumbuh dan berkembang pesat.
Faktanya dari tahun ke tahun MTs Negeri Kebumen 1 selalu menolak calon peserta
didik baru yang tidak sedikit jumlahnya karena keterbatasan fasilitas atau
prasarana yang ada. Dari dokumentasi madrasah disebutkan bahwa pada tahun
pelajaran 2015/2016 calon peserta didik baru yang ditolak mencapai lebih dari
50% lebih dari jumlah pendaftar peserta didik baru yang diterima. Hal ini
menggambarkan betapa tingginya animo masyarakat terhadap MTs Negeri 1 Kebumen .
Animo masyarakat yang semakin tinggi
terhadap MTsN1 Kebumen direspon dengan
menambah daya tampung peserta didik. Jika sejak tahun pelajaran 2007/2008 hingga
2016/2017 peserta didik yang ditampung 24 kelas (masing-masing tingkatan 8 kelas),
maka pada tahun 2017/2018 bertambah menjadi 25 kelas. Pertumbuhan dan
perkembangan MTs Negeri Kebumen 1 ini
seiring dengan semakin meningkatnya sarana dan prasarana yang dimiliki. Tahun
2018/2019 MTsN1 Kebumen menambah 1
kelas menjadi 26 kelas, dan tahun
2019/2020 berjumlah 27 kelas ( masing masing 9 kelas ).
Animo masyarakat yang semakin tinggi
tidak hanya sekedar kuantitas, namun kualitas peserta didik yang masuk juga
menunjukkan peningkatan. Data menunjukkan pada tahun 2015/2016 rata-rata UN
yang masuk rata rata 149,3. Pada tahun2016/2017 rata-rata UN peserta didik baru
259. Pada tahun 2017/2018 rata – rata UN peserta didik baru yang
diterima 244 dan rata – rata UN peserta didik baru pada tahun 2018/2019
sebesar 213,9. Sedangkan pada tahun 2019/202020 rata – rata UN peserta
didik baru yang diterima 199,7
Di sisi lain, prestasi akademik
peserta didik dari tahun ke tahun selalu meningkat. Faktanya. pada tahun 2014/2015 rata-rata nilai UN 8,57,
tahun 2015/2016 rata rata nilai UN 86,08, dan tahun 2016/2017 nilai rata-rata UN
84,08 semuanya MTsN 1 Kebumen masuk pada peringkat 2 SMP/MTs se Kabupaten
Kebumen. Prestasi yang membanggakan MTsN 1 Kebumen adalah meraih nilai
rata-rata tertinggi SMP/MTs se Kabupaten Kebumen pada Tahun 2018, dengan jumlah
rata rata 329,51 dan nilai rata-rata
82,38, mengalahkan SMPN favorit di Kabupaten Kebumen. Dan lebih
membanggakan lagi di Tahun 2019 meraih Jumlah nilai rata-rata UN tertinggi MTs Negeri se
Indonesia, dan satu satunya MTs Negeri yang masuk di 100
besar SMP/MTs peraih nilai rata-rata tertinggi di Indonesia.
Dari beberapa prestasi lain yang
pernah diraih oleh MTs1 Negeri Kebumen meliputi kejuaraan bidang akademik dan non
akademik. Data prestasi terakhir bidang akademik menunjukkan prestasi yang maksimal
pada Kompetisi Sains Madrasah tingkat Nasional bidang Fisika dan
Biologi meraih medali emas pada tahun 2011/2012. Dan MTs N 1 Kebumen telah
meraih juara kedua tingkat provinsi Jawa Tengah pada Kompetisi Sains
Madrasah bidang matematika tahun 2011/2012 . Sedangkan tahun
2012/2013 MTs Negeri Kebumen 1 akan maju pada Kompetisi Sains Madrasah Bidang
Fisika pada tingkat Nasional.
Sampai dengan tahun pelajaran 2020/2021
ini MTs Negeri 1 Kebumen memiliki 55
tenaga pendidik dan 15 tenaga kependidikan. Dari seluruh tenaga pendidik
tersebut yang sudah berkualifikasi S2 sebanyak 5 orang, berkualifikasi
S1 sebanyak 37 orang, tenaga kependidikan S1 sebanyak 3 orang,
berkualifikasi D3 2, lainya SLTA . Sementara ini tenaga pendidik
yang sudah tersertifikasi sebagai pendidik profesional hampir 90%.