Pada tahun 1964 beberapa tokoh masyarakat Kebumen pada waktu itu bersepakat untuk mendirikan sekolah lanjutan tingkat pertama (SLTP) yang bercirikan khas Agama Islam, maka jadilah musyawarah mufakat untuk mendirikan sekolah lanjutan tingkat pertama (SLTP) yang diberi nama Pendidikan Guru Agama Pertama (PGAP) 4 tahun setingkat SLTP, yang terletak di Jalan Pahlawan 21 Kebumen/sebelah selatan Alun-alun Kebumen.Adapun tokoh pendiri pada waktu itu adalah sebagai berikut :
Kemudian kelima tokoh tersebut bersepakat untuk memilih bapak H. Tholib, B.A. sebagai kepala PGAP 4 tahun. Pada saat itu siswa yang pertama sejumlah 40 orang siswa, yakni 1 (satu) kelas. Kemudian pada tahun 1969 PGAP 4 tahun berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Agama Islam Negeri (MTsAIN) Kebumen, namun PGAP 4 tahun juga masih ada, jadi SLTP berciri khas Islam ada 2 yakni PGAIP 4 tahun dan MTsAIN Kebumen. Adapun sebagai Direktur MTsAIN adalah Bapak Mohammad Irfa’ie. Kedua-duanya berjalan lancar walaupun satu berstatus negeri dan yang satunya swasta.
Kemudian pada tahun 1970 PGAIP 4 tahun berubah status menjadi PGAN 4 tahun. Jadi kedua-duanya berstatus negeri dengan SK Menteri Agama Nomor: 148 tahun 1970 tanggal 22 Juli 1970. Kemudian pada tahun 1978 MTsAIN menjadi MTsN Kebumen 1 dan PGAN 4 tahun berubah menjadi MTsN Kebumen 2.
Sampai sekarang ini, MTsN 1 Kebumen telah mengalami sepuluh kali pergantian kepala dengan urutan sebagai berikut :
Berdasarkan surat keputusan Direktorat Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam Departemen Agama Nomor: E/242.A/99 tertanggal 2 Agustus 1999 Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Kebumen 1 telah diputuskan sebagai Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) Model Kebumen 1.Nomenklatur MTsN Kebumen 1 kembali berubah sesuai Keputusan Menteri Agama no 810 tahun 2017 tertanggal 3 Oktober 2017 menjadi MTs Negeri 1 Kebumen.
Dalam perjalanannya, MTs Negeri1 Kebumen tumbuh dan berkembang pesat. Faktanya dari tahun ke tahun MTs Negeri Kebumen 1 selalu menolak calon peserta didik baru yang tidak sedikit jumlahnya karena keterbatasan fasilitas atau prasarana yang ada. Dari dokumentasi madrasah disebutkan bahwa pada tahun pelajaran 2015/2016 calon peserta didik baru yang ditolak mencapai lebih dari 50% lebih dari jumlah pendaftar peserta didik baru yang diterima. Hal ini menggambarkan betapa tingginya animo masyarakat terhadap MTs Negeri 1 Kebumen .
Animo masyarakat yang semakin tinggi terhadap MTsN1 Kebumen direspon dengan menambah daya tampung peserta didik. Jika sejak tahun pelajaran 2007/2008 hingga 2016/2017 peserta didik yang ditampung 24 kelas (masing-masing tingkatan 8 kelas), maka pada tahun 2017/2018 bertambah menjadi 25 kelas. Pertumbuhan dan perkembangan MTs Negeri Kebumen 1 ini seiring dengan semakin meningkatnya sarana dan prasarana yang dimiliki. Tahun 2018/2019 MTsN1 Kebumen menambah 1 kelas menjadi 26 kelas, dan tahun 2019/2020 berjumlah 27 kelas ( masing masing 9 kelas ).
Animo masyarakat yang semakin tinggi tidak hanya sekedar kuantitas, namun kualitas peserta didik yang masuk juga menunjukkan peningkatan. Data menunjukkan pada tahun 2015/2016 rata-rata UN yang masuk rata rata 149,3. Pada tahun2016/2017 rata-rata UN peserta didik baru 259. Pada tahun 2017/2018 rata – rata UN peserta didik baru yang diterima 244 dan rata – rata UN peserta didik baru pada tahun 2018/2019 sebesar 213,9. Sedangkan pada tahun 2019/202020 rata – rata UN peserta didik baru yang diterima 199,7
Di sisi lain, prestasi akademik peserta didik dari tahun ke tahun selalu meningkat. Faktanya. pada tahun 2014/2015 rata-rata nilai UN 8,57, tahun 2015/2016 rata rata nilai UN 86,08, dan tahun 2016/2017 nilai rata-rata UN 84,08 semuanya MTsN 1 Kebumen masuk pada peringkat 2 SMP/MTs se Kabupaten Kebumen. Prestasi yang membanggakan MTsN 1 Kebumen adalah meraih nilai rata-rata tertinggi SMP/MTs se Kabupaten Kebumen pada Tahun 2018, dengan jumlah rata rata 329,51 dan nilai rata-rata 82,38, mengalahkan SMPN favorit di Kabupaten Kebumen. Dan lebih membanggakan lagi di Tahun 2019 meraih Jumlah nilai rata-rata UN tertinggi MTs Negeri se Indonesia, dan satu satunya MTs Negeri yang masuk di 100 besar SMP/MTs peraih nilai rata-rata tertinggi di Indonesia.
Dari beberapa prestasi lain yang pernah diraih oleh MTs1 Negeri Kebumen meliputi kejuaraan bidang akademik dan non akademik. Data prestasi terakhir bidang akademik menunjukkan prestasi yang maksimal pada Kompetisi Sains Madrasah tingkat Nasional bidang Fisika dan Biologi meraih medali emas pada tahun 2011/2012. Dan MTs N 1 Kebumen telah meraih juara kedua tingkat provinsi Jawa Tengah pada Kompetisi Sains Madrasah bidang matematika tahun 2011/2012 . Sedangkan tahun 2012/2013 MTs Negeri Kebumen 1 akan maju pada Kompetisi Sains Madrasah Bidang Fisika pada tingkat Nasional.
Sampai dengan tahun pelajaran 2020/2021 ini MTs Negeri 1 Kebumen memiliki 55 tenaga pendidik dan 15 tenaga kependidikan. Dari seluruh tenaga pendidik tersebut yang sudah berkualifikasi S2 sebanyak 5 orang, berkualifikasi S1 sebanyak 37 orang, tenaga kependidikan S1 sebanyak 3 orang, berkualifikasi D3 2, lainya SLTA . Sementara ini tenaga pendidik yang sudah tersertifikasi sebagai pendidik profesional hampir 90%.