Sesuai arahan dari Gubernur Jawa Tengah Bapak Ganjar Pranowo dan Surat Edaran kementerian Agama Provinsi Jawa Tengah, terkait kondisi Pandemi Covid-19, kepada semua Madrasah untuk menyelenggarakan proses kegiatan belajar mengajar jarak jauh. Kegiatan belajar mengajar ini akan berlangsung selama 2 minggu kedepan terhitung mulai tanggal 16 Maret sampai dengan tanggal 29 Maret 2020, sambil menungggu perkembangan selanjutnya.

Pihak Madrasah telah menyampaikan surat edaran kepada orang tua melalui para wali kelas agar orang tua memahami kondisi darurat Covid-19 dan tetap memantau anak-anaknya belajar di rumah. Pihak Madrasah tetap memantau meskipun ada titik lemah jika dibandingkan dengan belajar tatap muka, karena keadaan darurat permasalahan ini diharapkan cepat berlalu agar proses belajar mengajar kembali seperti biasa dengan baik kembali di Madrasah.

MTs. Negeri 1 Kebumen telah memanfaatkan teknologi informasi dalam berkomunikasi, sehingga program pembelajaran online yang akan diterapkan ini bukanlah hal yang sulit dan mendapat respon positif. Pembelajaran tanpa tatap muka sudah diterapkan sejak beberapa waktu lalu di MTs. Negeri 1 Kebumen. Guru memberikan ringkasan materi pelajaran dan tugas melalui E-Learning, Email, dan selanjutnya siswa mengirimkan hasil pekerjaannya ke guru juga dengan email.