Di Tengah Pandemi Covid-19 MTsN 1 Kebumen melaksanakan Penilaian Tengah Harian (PTS) Semester Genap untuk kelas VII,VIII dan Penilaian Akhir Tahun (PAT) untuk kelas IX. Kegiatan tersebut dilaksanakan mulai tanggal 4-13 Maret 2021.

 Adapun pelaksanaan kegiatan Penilaian Tengah Semester (PTS) dan Penilaian Akhir Tahun (PAT) menggunakan fitur CBT pada Elearning Kementerian Agama, sedangkan untuk absensi dan pengawasan dilakukan oleh Wali Kelas dengan menggunakan aplikasi Google Meet atau Zoom. Absensi dilakukan 15 menit sebelum pelaksanaan PTS dan PAT berlangsung. Dengan memanfaatkan aplikasi CBT Elearning dan Google Meet atau Zoom tersebut diharapkan mampu memaksimalkan kegiatan Penilaian Tengah Semester (PTS) kelas VII, VIII dan PAT kelas IX.  

 Bp. Muhammad Arifin, M.Pd.I selaku Ketua Panitia Penilaian Tengah Semester (PTS) dan Penilaian Akhir Tahun (PAT) mengatakan, "Pelaksanaan hari pertama Kamis, 4 Maret 2021 kegiatan  Penilaian Tengah Semester (PTS) dan Penilaian Akhir Tahun (PAT) Semester Genap untuk mapel Bahasa Indonesia dan Al-Qur'an Hadist berjalan dengan lancar dan tertib".

 Bagi siswa yang mengalami kendala sinyal dan jaringan pelaksanaan Penilaian Tengah Semester (PTS) dan Penilaian Akhir Tahun (PAT), pengerjaan bisa dilakukan di Madrasah dengan menggunakan fasilitas komputer di Lab.Madrasah