MTs. Negeri 1 Kebumen mengawali Semester Genap Tahun Ajaran 2019/2020, pada hari Kamis 2 Januari 2020 dengan kegiatan Khotmil Qur'an. Sebelum pelaksanaan kegiatan Khotmil Qur'an dilaksanakan siswa-siswi MTs. Negeri 1 Kebumen apel pagi terlebih dahulu. Adapun keutamaan dari  Kegiatan Khotmil Qur'an tersebut antara lain : merupakan amalan yang paling dicintai oleh Allaah, Orang yang mengikuti khataman Al-Qur’an, seperti mengikuti pembagian ghanimah, mendapat doa/sholawat dari malaikat, mengikuti sunnah Rosulullah SAW.

Teknis pelaksanaan Kegiatan Khotmil Qur'an di MTs. Negeri 1 Kebumen antara lain sebagai berikut :

• Pukul 09.45 siswa memasuki ruang kelas masing-masing sambil mempersiapkan Al-Qur'an,
• Adanya pembagian kelompok oleh wali kelas dalam hal membaca Al-Qur'an, Pukul 10.00 
• Pukul 10.00 pembukaan Khotmil Qur'an oleh Bp. Kholiludin, S.Ag dan Bp. Harmuzi, S.Ag
• Pukul 10.05 siswa mulai membaca Al-Qur'an sampai selesai 

Setelah kegiatan Khotmil Qur'an tersebut selesai, dilanjutkan sholat dhuhur berjamaah.